Antibiotici se u stomatologiji koriste za liječenje upalnih stanja uzrokovanih bakterijama. 

U nekim slučajevima nije potrebno koristiti antibiotike, no simptomi često mogu zavarati pa se i za virusne infekcije često koriste antibiotici, naročito oni širokog spektra. 

To može dovesti do otpornosti mikroorganizama na najčešće sojeve antibiotika pa s njihovom primjenom treba postupati oprezno.

U stomatologiji se antibiotici koriste kada dođe do ozbiljne upale  što se može, ali i ne mora dogoditi nakon oralnohirurških zahvata.

Vrlo često se u stomatologiji propisuje kombinacija amoksicilina i klavulanske kiseline, koja inhibira enzim beta-laktamazu zbog kojeg su neke bakterije otporne na antibiotike. 

Većina endodontskih infekcija može se uspješno liječiti i bez primjene antibiotika,samim mehaničkim čišćenjem,dezinfekcijom i punjenjem korijenskih kanala, a na stomatologu je da kod pojedinog pacijenta pažljivo procijeni treba li uvoditi antibiotsku terapiju ili ne. Svakako treba uzeti u obzir postojanje povišene tjelesne temperature, limfadenopatije, širenja infekcije u meka tkiva, otekline, ili imunodeficijencije pacijenta.